指紋其實是比較復雜的。與人工處理不同，許多生物識別技術公司并不直接存儲指紋的圖像。多年來在各個公司及其研究機構產生了許多數字化的算法（美國有關法律認為，指紋圖像屬于個人隱私，因此不能直接處理指紋圖像）。
指紋門禁機指紋識別算法最終都歸結為在指紋圖像上找到并比對指紋的特征。因為每個人的包括指紋在內的皮膚紋路在圖案、斷點和交叉點上各不相同，也就是說，是唯一的，并且終生不變。依靠這種唯一性和穩定性，我們就可以把一個人同他的指紋對應起來，通過比較他的指紋和預先保存的指紋進行比較，就可以驗證他的真實身份。
自動指紋識別技術的發展得益于現代電子集成制造技術和快速而可靠的算法研究。盡管指紋只是人體皮膚的一小部分，但用于識別的數據量相當大，對這些數據進行比對也不是簡單的相等與不相等的問題，而是使用需要進行大量運算的模糊匹配算法。現代電子集成制造技術使得我們可以制造相當小的指紋圖象讀取設備，同時飛速發展的個人計算機運算速度提供了在微機甚至單片機上可以進行兩個指紋的比對運算的可能。
有些人的指紋很淡，無法采集到符合電腦自動識別技術需求的指紋信息，可以嘗試十個手指，如果十個手指的指紋都無法采集，可以給當事人密碼身份認證。60歲以上老人，長期在化學腐蝕環境作業的工人，經常使用洗潔精的家庭主婦等的中指和拇指及食指的指紋紋路收到嚴重影響，可以嘗試小指和無名指。確實無法采集的人，使用密碼進行身份驗證。
指紋IC卡系統用IC卡保存指紋特征數據、使用人員信息、私鑰等關鍵信息、通過指紋識別認證持卡人真實身份，是提高電子支付信用卡信譽、解決網絡信息安全瓶頸最有效的手段，是對信息安全（軟件）認證、密鑰體系最有效的補充。既是IC卡應用更高層次的系統創新，又是用戶真實身份認證領域的一次革命。指紋門禁機讀卡器驗證卡的有效性，后指紋身份驗證，通過雙重驗證，確保系統安全可靠，保護資源不被侵犯。
