基因組測序是一種新型基因檢測技術(shù)，它可以從血液或者唾液中分析測定基因全序列，用來預(yù)測疾病，個人的行為特征等等。實現(xiàn)這一項技術(shù)需要海量的計算支持，常常需要等待一段時間才可以獲得檢測結(jié)果。然而，Edico Genome推出的“龍”硬件加速卡將測序計算時間由30小時縮短到26分鐘，很快就可能優(yōu)化實現(xiàn)實時計算的目標(biāo)。

IBM Power Systems最近在《華盛頓郵報》官網(wǎng)上發(fā)表了題為“Powerful computing crunches genomic data at warp speed”的文章，文章描述了Edico Genome使用硬件加速器來加速基因研究的海量計算。Edico Genome董事長兼CEO Pieter van Rooyen和他的團(tuán)隊在南非進(jìn)行血液分析的工作，主要面向兩種疾病：艾滋病（HIV）和肺結(jié)核（tuberculosis）。同時他們也開發(fā)了一款定制的硬件加速卡來加速計算，這款加速卡就是“龍”卡，卡上集成了基于IBM Power8處理器的S822LC高性能計算服務(wù)器和Xilinx28nm FPGA。

加速卡計算的效果如何呢？“之前一個基因組測序需要大約30小時” van Rooyen說，“我們已經(jīng)把計算時間降到26分鐘，很快，我們就會進(jìn)一步優(yōu)化到10分鐘”。他預(yù)計一個全序列基因編譯可以在接近實時的時間內(nèi)完成。

視頻地址：http://static.video.qq.com/TPout ... 1p3d&auto=0

Stone在視頻中解釋說，F(xiàn)PGA加速卡將處理時間縮減到6分鐘左右，而純軟件處理大概需要6小時，F(xiàn)PGA硬件加速提供了約50X~60X的加速性能。目前Edico Genome“龍”卡上用的是Xilinx 28nm器件，公司已經(jīng)考慮在他們下一代的板子上使用Xilinx UltraScale器件，在現(xiàn)有基礎(chǔ)上再獲得5X的加速性能提升。

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